L’agence est organisée en 5 unités :
- Assainissement & milieux aquatiques
- Ecodéveloppement & projets territoriaux
- Biodiversité & Espaces naturels
- Information & Communication
- Moyens généraux
L’ensemble de l’agence est orienté et organisé en fonction de ces objectifs, en affirmant les valeurs et perspectives originelles de l’ARPE :
> INNOVATION : l’ARPE a vocation à développer, faire émerger et valoriser des pratiques et des démarches novatrices, dans le prolongement des politiques publiques initiées par les collectivités membres, auprès des acteurs publics et des habitants du territoire régional, que ce soit à des niveaux techniques ou méthodologiques, dans les champs du développement durable.
> ANIMATION : l’ARPE a une mission d’animation auprès des acteurs de l’environnement et du développement durable sur le territoire. Elle anime 7 Réseaux (pour plus de détails : rubrique "Réseaux régionaux") :
- Gestionnaires d’espaces naturels protégés
- Gestionnaires de milieux aquatiques
- Gestionnaires de déchetteries
- Commande et développement durable
- Zones d’activités et développement durable
- Territoires durables
- Espace d’échanges des acteurs de l’utilité sociale environnement
> MUTUALISATION: l’ARPE est un outil technique. Par ses moyens et ses compétences, l’Agence a vocation à servir les acteurs de son territoire grâce à la mise à disposition d’outils (SIG, systèmes d’observations, gestion…) et de moyens (notamment accompagnement de projets par des chargés de missions).